Jusqu'à la fin de la première année de « kookoo », toutes les matières sont obligatoires. Ces matières sont : Japonais, Maths (Analyse et Algèbre), Anglais, Sciences, Sciences sociales (Histoire, Économie, Géographie), Sport et Art.
Au début de la seconde année, l'élève choisit entre deux branches (section scientifique ou section littéraire) mais on ne lui propose quasiment aucune matière à option. Certaines écoles, en revanche, sont plus axées sur les langues, et d'autres plus orientées sur les sciences.
Toutes les matières semblent revêtir la même importance. Si hiérarchie il y a, elle semble « favoriser légèrement le Japonais, les Maths et l'Anglais ».
Les Français apprécient qu'une place importante soit réservée aux arts (aux arts plastiques en général et à la peinture en particulier, à la danse et à la musique). « L'art est une matière à part entière, qui a toute sa place dans l'éducation et la formation du jeune Japonais. »
La place réservée au sport est importante aussi. « Dans mon école, précise une de nos enquêtrices, on peut faire du volley, du badminton, du « Lacrosse », du tir à l'arc, du flipper, du base-ball, du soft-ball, du football, de la gymnastique... ».